遥远的未来—— 人类分裂成了以有人兵器Strain为主战力（联合）和以无人兵器Tomorrow为主战力（帝国）的两大阵营，从而开始了永无止息的战斗。 现年16岁的セーラ·ウィーレック是联合阵营

C.E.70年2月，地球联合军与ZAFT之间的武装冲突由于“染血的情人节”悲剧而全面升级为地球圈规模的战争。C.E.71年6月，在“非我即敌”的观念驱使下，地球联合军悍然发动了对中立国家奥布联合酋

正值百年战争末期，基利可·丘比在纵横交织的枪弹下生存。 另一方面，Pailsen被RED SHOULDER的丑闻事件包围而垮台。军队的首领决定将他处决，蛤去被情报省的次官沃茨卡姆从法庭救了出来。

那还是人与非人的世界未曾分开的远古故事。 流德雪尔率领的〈光之圣痕〉与魔神族的圣战，激化至波及布里塔尼亚全境。 取得3个戒禁的艾斯塔罗萨失控暴走，带走了伊丽莎白。金、高瑟、霍克、沙利叶、塔米叶